V smislu rabe Postojnskega in Predjamskega jamskega sistema kot naravnih vrednot se opravlja redni strokovni nadzor obeh jam že od leta 2009. Dodatno se izvaja klimatski monitoring, ki zajema merjenje temperature zraka, zračnega tlaka, CO2, vlage, smeri in hitrosti vetra ter merjenje temperature vode v ponvicahkamnine. Meritve se opravljajo na več merilnih mestih in z različnimi merilnimi inštrumenti. Ob posebnih prireditvah v jamah ter ob sanacijah in gradnjah so meritve še pogostejšeje strokovni nadzor okrepljen. Močno povečan obisk turistov v jamah kaže na povečanje temperature zraka in vrednosti CO2, ki pa se po zmerno številnih obiskih vrne v redne okvire. Biološki monitoring obsega spremljanje favne v prenikli vodi na več mestih v jamah. Hkrati se opravlja tudi monitoring omejevanja rasti lampenflore.