Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Tadej Slabe Šifra: P6-0119
Projekt Študij viabilnosti ameb in način njihovega prenosa v okolju: primer iz kraških jam Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Šifra: BI-AT/09-10-023
Projekt Geomorfološka in speleogenetska analiza razvoja kraških oblik Dinarskega in Krimskega krasa Trajanje projekta: 1. januar 2009–31. december 2010 Vodja projekta: dr. Andrej Mihevc Šifra: BI-UA/09-10-010
Program Temeljne raziskave slovenske kulturne preteklosti Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Šifra: P6-0052 (A)
Projekt Razvoj modelov speleogeneze v epifreatični coni v pogojih časovno spremenljivega dotoka Trajanje projekta: 1. november 2008–30. april 2012
Projekt CAPACities Trajanje projekta: 1. oktober 2008–31. marec 2011 Vodja projekta: Luisa Pedrazzini
Projekt Vzpostavitev monitoringa izbranih ciljnih vrst mehkužcev Trajanje projekta: 25. september 2008–3. november 2009 Šifra: 2511-08-600155
Projekt Naravni sestoji macesna v Sloveniji Trajanje projekta: 1. september 2008–30. september 2010 Šifra: V4-0542