Projekt Center za arhitekturo Krasa Trajanje projekta: 1. april 2009–29. februar 2012 Vodja projekta: Aleksandra Torbica
Projekt Ekspertiza: Strategija za zdomce in izseljence Trajanje projekta: 1. januar 2000–31. december 2000
Projekt Informacijski sistem za arheološko dediščino Slovenije Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: dr. Janez Dular Šifra: J6-9033
Program Literarnozgodovinske, literarnoteoretične in metodološke raziskave Trajanje programa: 1. januar 2004–31. december 2008 Vodja programa: dr. Darko Dolinar Šifra: P6-0024 (A)
Projekt Antropološka analiza izbranih antičnih arheoloških najdišč Slovenije Trajanje projekta: 1. september 2005–31. avgust 2008 Vodja projekta: dr. Petra Leben-Seljak Šifra: J6-7590
Projekt CapHaz-Net Trajanje projekta: 1. junij 2009–31. maj 2012 Vodja projekta: Annett Steinführer, Christian Kuhlicke
Projekt "Inbreeding" in evolucijske slepe ulice: od populacijskih procesov do makroevolucijskih vzorcev Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2009 Vodja projekta: dr. Ingi Agnarsson Šifra: Z1-9799-0618-07
Projekt IGCP UNESCO Project No. 513 - Globalno preučevanje kraških vodonosnikov in vodnih virov Trajanje projekta: 1. januar 2010–31. december 2010 Šifra: 3211-10-000148
Projekt Projekt SMART KARST: Mednarodna krasoslovna šola "Sonaravno upravljanje naravnih virov na krasu" Trajanje projekta: 1. december 2005–30. november 2009 Šifra: MSCF-CT-2005-029674