Projekt Nastanek kulturne krajine v Beli krajini in na Ljubljanskem barju Trajanje projekta: 1. julij 2002–30. junij 2004 Vodja projekta: doc. dr. Maja Andrič Šifra: Z6-4074-0618-03
Projekt Mitska krajina kot vir znanj o urejanju prostora Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. junij 2010 Vodja projekta: dddr. Andrej Pleterski Šifra: BI-HR/09-10-029
Program Umetnost na Slovenskem v stičišču kultur Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2027 Vodja programa: izr. prof. dr. Mija Oter Gorenčič Šifra: P6-0061 (B)
Projekt Plemeniti meceni. Vloga in pomen aristokratskih naročnikov v sakralni umetnosti slovenskih dežel od 16. do 19. stoletja Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2010 Vodja projekta: dr. Blaž Resman
Projekt Standardi in menjalne vrednosti v evropskih prazgodovinskih družbah Trajanje projekta: 1. januar 2008–31. december 2009 Vodja projekta: Estelle Gauthier (Laboratoire de Chrono-Ecologie, UMR CNRS 6565) Šifra: BI-FR/08-09-PROTEUS-011
Projekt Izdelava in demonstracija modela za načrtovanje ohranjanja umetnostnozgodovinske dediščine v vojnih spopadih Trajanje projekta: 1. september 2007–30. november 2009 Vodja projekta: dr. Barbara Murovec
Projekt Zgodnje neagrarne naselbine kot prostor prenosa idej in znanja v srednjeveški Evropi Trajanje projekta: 1. januar 2007–31. december 2008 Vodja projekta: dr. Jiři Macháček
Projekt Računalniška arheološka podatkovna zbirka zgodnjesrednjeveških artefaktov Trajanje projekta: 1. maj 2006–30. april 2008 Vodja projekta: Prof. dddr. Andrej Pleterski
Projekt Razvoj slovenske kulturne krajine: primerjava rezultatov analize fitolitov in peloda Trajanje projekta: 1. januar 2003–31. december 2005 Vodja projekta: dr. Alexandra Golyeva Šifra: SLO-RUS 18/03/04